背景簡介
RNA immunoprecipitation sequencing (RIP-seq)是RNA免疫共沉淀結合高通量測序的一種技術,通過免疫沉淀靶蛋白來捕獲互作的RNA。其原理是運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來,然后經過分離純化獲得結合在復合物上的RNA,再通過高通量測序實現(xiàn)對目的RNA的信息分析。RIP技術與高通量測序的結合,能幫助研究人員從全基因組層面了解轉錄后調控網絡的動態(tài)過程。
技術優(yōu)勢
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分析流程
分析內容
樣本類型
個體較小動物如小鼠、雛雞、斑馬魚等肝臟、心臟、腦等組織>1g;
個體較大動物如豬、牛、羊等肌肉、晚期胚胎等組織>2g,脂肪組織>10g;
昆蟲等整只個體>3g;
腫瘤組織>1g;
植物組織:果實>10g,花序、花蕊、花粉>2g,其他部位>5g;
細胞樣本>1×108個
Peak 在基因功能元件上的分布
peak 以及周邊基因結構的可視化
motif 分析